Dermatolog i ortopeda
Just another WordPress site

W kierunku wspólnej wizji danych genetycznych raka ad

Posted in Uncategorized  by admin
July 1st, 2018

Na przykład, odpowiedź rozlanych dużych chłoniaków z limfocytów B na czynniki celowane można przewidzieć na podstawie profili ekspresji genów.4 Dlatego też wiele metod genomicznych jest wymaganych, aby dostarczyć molekularny opis raka, który ma maksymalny kliniczny wpływ. Od początku genomiki nowotworowej widoczna jest wartość udostępniania danych. Po pierwsze, złożoność danych genomicznych nieuchronnie oznacza, że tylko niewielka część danych zawartych w danych może zostać zgłoszona w jednej publikacji. Po drugie, naukowcy nie mogą realistycznie wygenerować w ramach jednego projektu wszystkich danych genomicznych niezbędnych do wyciągnięcia ważnych wniosków, ale mogą wzbogacić swoje badania poprzez ponowne wykorzystanie danych genomicznych z innych projektów.
Jednak głównym wyzwaniem dla naukowców pracujących z zestawami danych genomicznych raka jest ich sama wielkość. Sam zestaw danych TCGA ma ponad petabajt wielkości i składa się z ponad 575 000 plików. Samo pobranie danych za pomocą połączenia 10 Gb / s zajęłoby ponad 3 tygodnie. Stworzenie bezpiecznej, zgodnej infrastruktury o wystarczającej skali do przechowywania i analizy danych jest nie tylko technicznie trudne, ale także kosztowne. W 2016 r. Sprzęt komputerowy wymagany do analizy nieprzetworzonych danych sekwencjonowania TCGA kosztował ponad milion USD, nie uwzględniając kosztów utrzymania systemów, bezpieczeństwa i zgodności, które są konieczne przy pracy z ludzkimi danymi genomicznymi i klinicznymi. GDC zajmuje się tymi barierami logistycznymi i ekonomicznymi poprzez demokratyzację dostępu do danych dotyczących genomiki nowotworów, umożliwiając naukowcom wprowadzanie ich hipotez do danych.
Niedawna eksplozja analizy genomu raka pozostawiła po sobie ślad niejednoznaczności danych, którą należy rozwiązać i poprawić. Często badania genomu są publikowane bez podawania przez autorów surowych danych z sekwencjonowania w publicznym repozytorium, co uniemożliwia ocenę ważności zgłoszonych aberracji genetycznych. Identyfikacja somatycznych zmian genetycznych w próbkach raka jest wyzwaniem ze względu na zmienny udział niezłośliwych komórek, zmiany liczby kopii genu i obecność subklonów nowotworowych. Podobnie, opis zmian liczby kopii i kwantyfikacja ekspresji genów nie zostały ujednolicone, co stanowi problem dla naukowców próbujących porównać dane z różnych badań. GDC rozwiązuje te problemy, stosując proces harmonizacji, w którym surowe odczyty sekwencyjne są przetwarzane przez jednorodne rurociągi analityczne i zapewnia wyniki z wielu metod analitycznych, gdy nie ma jednego standardu. Ponieważ sekwencja ludzkiego genomu jest dalej dopracowywana i opisywana, a wraz z rozwojem lepszych rurociągów analitycznych, GDC będzie reharmonizować całą zawartość genomu.
GDC jest podstawą wieloletnich wysiłków podejmowanych przez NCI w celu promowania nowej taksonomii molekularnej raka, która dostarcza informacji prognostycznych i przewiduje reakcję lub odporność na określone terapie. Projekt ten będzie wymagał analizy danych pochodzących z badań klinicznych z wbudowaną genomiką oraz z eksperymentów laboratoryjnych, które przypisują fenotypy biologiczne poszczególnym wariantom raka, a także opracowaniu nowych metod integracji wielu klinicznych i molekularnych typów danych. Osiągnięcie tego celu zostanie znacznie ułatwione dzięki genomowemu udostępnianiu danych za pośrednictwem GDC, który będzie wymagany dla wszystkich naukowców wspieranych przez NCI i powinien okazać się atrakcyjny dla każdego badacza, którego badania mogłyby skorzystać z narzędzi GDC
[więcej w: dermatolog lublin, leczenie kanałowe pod mikroskopem, wzorcowanie przyrządów pomiarowych ]

Tags: , ,

Komantarze do artykulu sa obecnie zamkniete, popros administratora strony o ich otwarcie jesli chcesz wziasc udzial w dyskusji pod artykulem. Kontakt do administracji w zakladce kontakt.(Mozliwe jest rowniez przeslanie propozycji tematow ktore mozemy uwzglednic w nastepnych naszych artykulach, bedziemy wdzieczni za wasze cenne sugestie i postaramy sie je wykorzystac przy kolejnych wpisach.)

Powiązane tematy z artykułem: dermatolog lublin leczenie kanałowe pod mikroskopem wzorcowanie przyrządów pomiarowych