Dermatolog i ortopeda
Just another WordPress site

W kierunku wspólnej wizji danych genetycznych raka

Posted in Uncategorized  by admin
September 1st, 2018

W ciągu ostatnich 2 lat National Cancer Institute (NCI), University of Chicago, Ontario Institute for Cancer Research oraz Leidos Biomedical Research opracowywały system informacyjny o nazwie NCI Genomic Data Commons (GDC) (patrz rysunek). GDC będzie początkowo zawierał surowe dane genomiczne, a także dane diagnostyczne, histologiczne i kliniczne pochodzące z projektów finansowanych przez NCI, takich jak Atlas Genomu Raka (TCGA) i Terapeutycznie Stosowane Badania w celu Generowania Skutecznych Terapii (TARGET). W przeciwieństwie do poprzednich wersji tych zestawów danych, dane genomowe będą zharmonizowane przy użyciu jednolitych rurociągów analitycznych w celu dopasowania surowych danych sekwencjonowania do genomu i identyfikacji mutacji, zmian liczby kopii i zmian ekspresji genów. Społeczność badawcza może uzyskać dostęp do GDC za pośrednictwem interaktywnego portalu (https://gdc-portal.nci.nih.gov), systemy komputerowe mogą wchodzić w interakcje za pośrednictwem interfejsu programowania aplikacji GDC, a programiści mogą sugerować nowe funkcje oparte na otwartym kodzie GDC kod. Niezwykłą i potężną cechą GDC jest to, że wszyscy naukowcy będą mogli przesłać swoje dane genomiczne na temat raka i korzystać z systemowych potoków obliczeniowych systemu, o ile wyrażą zgodę na szerokie udostępnianie swoich danych. GDC doda wartość do własnego projektu naukowca, zapewniając dostęp do najnowocześniejszych narzędzi bioinformatycznych, a dane badacza będą stopniowo zwiększać moc interpretacyjną GDC. System umożliwia badaczom spełnienie standardów dostępu do danych do publikacji w czasopismach naukowych oraz wymagań polityki Genomic Data Sharing Narodowego Instytutu Zdrowia (NIH) i wykorzystuje bazę danych systemu genotypów i fenotypów (dbGaP) w celu zapewnienia odpowiednich danych używać zgodnie z określonymi w dokumentach świadomej zgody.
Oczywiście, udostępnianie danych będzie miało decydującą rolę w precyzyjnej onkologii. Godnym celem wyznaczonym przez Instytut Medycyny jest opracowanie nowej taksonomii choroby opartej na patogenezie molekularnej. Ułatwiając dzielenie się danymi genomicznymi i klinicznymi dotyczącymi raka, GDC zbierze informacje potrzebne społeczności badawczej i medycznej, aby zbudować nową taksonomię molekularną nowotworów o przydatności klinicznej. Analiza aktualnych zestawów danych genomicznych raka sugeruje, że wciąż jesteśmy dalecy od odkrycia wszystkich zmian genetycznych, które promują złośliwe fenotypy, które są znane jako sterowniki raka. Te obliczenia sugerują, że w celu odkrycia genów, które nabywają mutacje kierowcy w 2% lub więcej pacjentów z nowotworem należy poddać analizie ponad 100 000 nowotworów.1 Występowanie czynników rakotwórczych następuje po długim rozkładzie, co oznacza, że zdarzenia związane z kierowcą powodujące choroby u wielu pacjentów z rakiem nie są powszechnymi allelami, takimi jak BRAF V600E we krwi. czerniaka, ale są raczej rzadkimi allelami, z których wiele nie zostało jeszcze opisanych.
Potrzeba zidentyfikowania takich rzadkich czynników rakotwórczych jest oczywista: dla każdego pacjenta z rakiem wykrycie rzadkiego genetycznego kierowcy może być kluczem do pomyślnej terapii. Na przykład, translokacja i nadekspresja genu ROS1 występuje w około 1% przypadków gruczolakoraków płucnych, a drobnocząsteczkowe inhibitory ROS1 mogą indukować całkowitą lub częściową odpowiedź u wielu pacjentów dotkniętych chorobą.2 Współwystępowanie mutacji w rzadkich podgrupach raka może ograniczać skuteczność pojedynczych celowanych leków, takich jak wemurafenib, ale w niektórych przypadkach problem można przezwyciężyć za pomocą kombinacji leków.3 Kliniczna heterogenność ludzkich nowotworów jest również spowodowana różnorodnością epigenetyczną
[więcej w: badanie kwas moczowy cena, nadczynność tarczycy u mężczyzn, dermatolog po angielsku ]

Tags: , ,

Komantarze do artykulu sa obecnie zamkniete, popros administratora strony o ich otwarcie jesli chcesz wziasc udzial w dyskusji pod artykulem. Kontakt do administracji w zakladce kontakt.(Mozliwe jest rowniez przeslanie propozycji tematow ktore mozemy uwzglednic w nastepnych naszych artykulach, bedziemy wdzieczni za wasze cenne sugestie i postaramy sie je wykorzystac przy kolejnych wpisach.)

Powiązane tematy z artykułem: badanie kwas moczowy cena dermatolog po angielsku nadczynność tarczycy u mężczyzn